Integrat al Sistema Territorial del Museu de la Ciència i de la Tècnica de Catalunya, l’Ecomuseu-Farinera de Castelló d'Empúries explica des del 2004 la història dels homes i dones de l’Empordà dedicats al cultiu del gra de blat i als diversos usos de la farina.

L’edifici de la Farinera proposa un recorregut pel patrimoni industrial fariner català. Les màquines, eines i estructures exposades són testimoni d’una activitat desenvolupada des de l’època medieval: primer a l’antic molí fariner, i des de finals del s. XIX a l’any 2001, a la moderna fàbrica farinera.

La visita a l’Ecomuseu es completa amb una ruta que ressegueix, fins al Pont de la Mercè, part dels cinc quilòmetres del Rec del Molí. Aquesta infraestructura hidràulica conduïa l’aigua des de la resclosa de Vilanova de la Muga a la Farinera, vorejant i abastint horts i camps. En arribar a la Farinera, el salt d’aigua feia funcionar una turbina Francis de 1905, la responsable de generar l’energia necessària per al funcionament de la fàbrica.