Des de les primeres excavacions al segle XIX, s’ha posat de manifest l’important patrimoni arqueològic del Pla de l’Estany. I és que aquí es concentren alguns dels jaciments de referència de Catalunya. Els resultats d’aquestes intervencions realitzades a la comarca es troben recollits al Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles. No és d’estranyar, per tant, que aquest equipament compti amb una de les col·leccions de paleontologia i arqueologia més importants de Catalunya.
 
El museu s’inaugura oficialment el 1943 i ocupa des de llavors el palau gòtic de la Pia Almoina. Del 2000 al 2009 s’ha reformat la museografia adaptant-la a criteris moderns. Actualment el Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles disposa de tres sales per a l’exposició permanent (la sala de Paleontologia, la de Prehistòria i la d’Història) que permeten fer un recorregut des del Terciari superior fins al segle XVIII dC.
 
A la sala de Paleontologia destaquen restes fòssils de grans animals del Terciari i el Quaternari, com el crani d'un tigre amb dents de sabre del jaciment d’Incarcal. La sala de Prehistòria dedica una atenció especial a la mandíbula neandertaliana de Banyoles trobada el 1887 al Pla de la Formiga i mostra també diverses peces del poblat neolític de La Draga i de les Coves de Serinyà.
 
Per la seva banda, la sala d’Història explica com era el Pla de l’Estany a través de les troballes fetes principalment al poblat ibèric del Mas Castell de Porqueres i la vil·la romana de Vilauba. Per a l’etapa medieval-moderna se centra, sobretot, en el barri vell de Banyoles.