Guifré el Pilós va fundar el 887 el monestir de Sant Joan de Ripoll que va acabar anomenant-se Sant Joan de les Abadesses. I és que durant gairebé 60 anys, entre els segles IX i X, va ser l’únic monestir femení de Catalunya.
 
La primera abadessa va ser la filla de Guifré el Pilós, Emma de Barcelona. Aquesta comunitat de monges benedictines va mantenir-se fins el 1017 quan les religioses, acusades de portar una vida poc exemplar, van ser expulsades. Llavors el monestir va ser ocupat per una comunitat masculina de canonges agustinians fins al segle XVI i després va passar a ser regit per arxiprests fins el segle XIX.
 
El recinte monàstic que podem veure actualment ha sofert modificacions al llarg del temps. L’església romànica original es va renovar al segle XII seguint els models arquitectònics monumentals del sud-oest de França i es va refer en part després del terratrèmol de 1428. En el seu interior no es pot passar per alt el Santíssim Misteri, l’únic davallament romànic conservat in situ a Catalunya.
 
Adossats a l’església hi trobem el claustre gòtic (segle XV) i la capella dels Dolors (segle XVIII), amb la cúpula barroca de l’escultor Jacint Morató. Es conserva també l’antic palau abadicial, del segle XIV-XV, on actualment s’ubica el Centre d'Interpretació del Mite del Comte Arnau, ja que aquest personatge de llegenda es relaciona amb la primera comunitat de monges de l’abadia.
 
El museu del monestir, obert des de 1975 a l’antiga rectoria, mostra una col·lecció de pintures, escultures, teixits i orfebreria del segle VIII fins al XX, la majoria destinats al culte litúrgic.